داروهای گیاهی از نظر ایمنی سابقه بسیار خوبی داشته و اثرات جانبی بسیار اندکی دارند. اما به هر حال گاهی اوقات برخی عکس العملهای ناخواسته علی الخصوص زمانی که این داروها برای اولین بار مصرف می شوند در بدن صورت می گیرد.

اثرات جانبی داروهای گیاهی معمولا به صورت علائم خفیفی نظیر مشکل در هضم و یا سردرد بروز می کند. هنگام قطع مصرف داروی گیاهی، علائم نیز به تدریج از بین می روند.

بعضی اوقات هنگامی که شما شروع به مصرف یک دارو می کنید، علائمی که از قبل در بدن وجود دارد ممکن است تشدید شوند.

در هر صورت، اگر شما احساس می کنید که نسبت به داروی گیاهی حساسیت شدیدی دارید، مصرف آن را قطع کنید. اگر علائم بیماری شما شدید است و یا علیرغم قطع مصرف دارو، علائم رو به تشدید گذاشته اند، با پزشک خود مشورت کنید. اما اگر علائم خفیفی هستند می توانید یک داروی دیگر را امتحان کنید.

داروهایی مثل شاه بلوط هندی (Aesculus hippocastanum) که به طور بالقوه دارای مواد سمی و یا تحریک کننده هستند، احتمال داشتن اثر جانبی بیشتری دارند و باید با دقت بیشتری نیز آماده شده و مصرف شوند. توجه به دوز توصیه شده برای مصرف داروها علی الخصوص برای کودکان و رعایت دقیق آن بسیار مهم است.

استفاده ی بیش از حد از هر دارویی، چه داروهای گیاهی و چه داروهای مرسوم، می تواند منجر به بروز اثرات جانبی شود.

علائم آلرژی (حساسیت) نسبت به داروهای گیاهی حتی در مورد داروهایی مثل بابونه (Chamomilla recutita) که بسیار پرمصرف هستند، اگرچه اندک است ولی بالاخرره ممکن است گاهی ظهور کند.

علائم آلرژیک خفیف نسبت به داروهای گیاهی می تواند پس از قطع دارو به راحتی رفع شود. بعنوان مثال استفاده از کرم همیشه بهار (Calendula officinalis) و یا دمکرده ی گزنه (Urtica dioica) می تواند موجب بهبود واکنشهای آلرژیک پوستی شود. اما واکنشهای آلرژیک شدید، در جایگاه یک واکنش اورژانسی تلقی شده و نیاز به فوریتهای پزشکی دارد.

برای کسانی که نسبت به داروها حساسیت دارند، بهتر است هنگام شروع مصرف یک داروی جدید، با دوز پایین تر مثلاً نصف کمترین دوز پیشنهاد شده شروع کنند. سپس اگر مشکلی پیش نیامد، می توان در طی چند روز دوز دارو را تا حد تجویز شده بالا برد.