پژوهشکده گیاهان دارویی جهاددانشگاهی در مهر ماه ۱۳۷۷ آغاز به کار نمود و در سال ۱۳۸۰ به عنوان مرکز تحقیقات گیاهان دارویی جهاددانشگاهی مورد تصویب شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی قرار گرفت. در حال حاضر این پژوهشکده با اعضاء هیأت علمی و کارشناس در مقاطع دکتری و کارشناسی ارشد در هشت گروه پژوهشی، سه مرکز خدمات تخصصی در زمینه‌های آنالیز، فرمولاسیون و تولید فرآورده های دارویی گیاهی و گیاهان دارویی فعالیت دارد.