خانواده های اصلی متابولیت های ثانویه، ترپنوئیدها، ترکیبات فنولی و آلکالوئیدها (یا ترکیبات نیترروژن دار سبک) و پلی کتیدها می باشند. متابولیت های ثانویه توزیع کمتری در طبیعت دارند و در ارگانیسم های ویژه ای یافت می شوند.