رسالت مرکز تحقیقات گیاهان دارویی دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی – درمانی شهید صدوقی یزد در زمینه های زیر مــــی باشد:
۱- انجام تحقیقات بنیادی جهت تولید علم در زمینه گیاهان دارویی
۲- انجام پژوهش های کاربردی جهت ارتقاء نظام دارویی کشور
۳- تربیت محققین توانمند در زمینه گیاهان دارویی
۴- ارتباط با صنایع تهیه و توزیع فراورده های گیاهان دارویی جهت برآورده ساختن نیازهای تحقیقاتی آنها
۵- افزایش بهره مندی از بستر مناسب تنوع پوشش گیاهی کشور و استان جهت تولیدات دارویی
۶- فرمولاسیون داروهای گیاهی جهت تولید و مصرف علمی آن با توجه به بستر مناسب فرهنگی جامعه