بطور کلی اصلاح یک گیاه دارویی بر منابع ژنتیکی موجود آن گیاه استوار است. به همین دلیل مرحله اول ارزیابی دقیق منابع ژنتیکی موجود از آن گیاه می باشد. اهداف اصلاح گیاهان دارویی در ۲ مقوله قابل بحث هستند: اهداف مد نظر صنعت دارویی و اهداف مد نظر در سیستم کشاورزی و تولید.

پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی دانشگاه شهید بهشتی با مجوز سازمان توسعه صنعت ملل متحد (UNIDO) و در راستای نیاز کشور برای استفاده بهینه از گیاهان دارویی بومی ایران تأسیس شده است. این پژوهشکده شامل چهار گروه فیتوشیمی، بیولوژی، کشاورزی و مهندسی شیمی می باشد که اساسنامه و تشکیلات آن به تصویب وزارت علوم، تحقیقات و فناوری رسیده و در مقطع کارشناسی ارشد و دکتری دانشجو می پذیرد.