ریشه اسکنبیل خراسانی در طب گیاهی کاربرد دارد و از جوشانده آن به صورت غرغره برای التیام زخم لثه‌ها و رفع شلی لثه‌ها استفاده می‌شود.

طبیعت گیاه پونه گرم و خشک است، برای قطع سکسکه مفید است، برای رفع آشفتگی و ناراحتی‌های معده مورد استفاده قرار می گیرد.