هرباریوم دانشگاه فردوسی مشهد با هدف مطالعه رُستنی‌های خراسان در سال ۱۳۶۰ فعالیت خود را آغاز کرد و با گذشت یک‌دهه از فعالیت پژوهشی آن، در سال ۱۳۷۰ به گروه پژوهشی گیاه‌شناسی (هرباریوم) ارتقاء یافت. در سال ۱۳۷۸ طرح توسعه این گروه پژوهشی به پژوهشکده علوم گیاهی، در راستای اهداف دانشگاه مبنی بر توسعه پژوهش، به شورای گسترش آموزش عالی پیشنهاد شد و سرانجام در سال ۱۳۷۹ به‌صورت واحدی مستقل با سه گروه پژوهشیِ گیاه‌شناسی (هرباریوم)، بقولات و گیاهان زینتی مورد تصویب قرار گرفت. هرباریوم پژوهشکده علوم گیاهی دانشگاه فردوسی مشهد، مجموعه منحصر به‌فردی است که در آن بیش از ۵۰۰۰۰ نمونه گیاهی شامل نمونه‌های جمع‌آوری شده از استان‌های خراسان و نیز استان‌های همجوار نگهداری می‌شود.