با عنایت به نیاز کشور و نو بودن تحقیقات بیوتکنولوژی در ایران به منظور توسعه فعالیت های پژوهشی و توانمند سازی پژوهشکده در جهت تامین بخشی از نیازهای بخش کشاورزی و رفع مشکلات ، در مناطق مختلف کشور ،سه مدیریت منطقه ای تحت عنوان مدیریت “منطقه شمالغرب و غرب کشور”به مرکزیت تبریز و با محوریت تحقیقات بیوتکنولوژی صنایع غذایی و “منطقه مرکزی کشور” به مرکزیت اصفهان با محوریت تحقیقات بیوتکنولوژی گیاهان دارویی و متابولیتهای ثانویه در سال ۱۳۸۳ و پژوهشکده”منطقه شمال کشور” به مرکزیت رشت با زمینه تحقیقاتی مربوط به بیوتکنولوژی دام و طیور ،آبزیان در سال ۱۳۸۵ با حضور وزیر جهاد کشاورزی راه اندازی شدند.